Esse erro pode ocorrer devido a problemas nas configurações de criptografia ou nas cadeias de certificação do certificado digital. Trata-se de uma questão relacionada ao certificado digital, e não ao Small Commerce.
Para corrigir, siga o procedimento de atualização das cadeias certificadoras descrito no artigo Como corrigir erro interno do certificado.
Caso o erro continue mesmo após realizar o procedimento, entre em contato com a empresa responsável pela emissão do certificado digital para verificar o problema.
