Essa rejeição ocorre quando o ambiente de emissão da NF-e é diferente do ambiente configurado para emissão do MDF-e. Por exemplo, quando a NF-e foi emitida em produção e o MDF-e está configurado em homologação.
Como resolver:
Primeiramente, verifique o ambiente de emissão configurado no MDF-e.
Acesse Config > MDF-e > Config > Ambiente e verifique se a opção Produção está marcada. Caso esteja selecionada a opção Homologação, altere para Produção.

Em seguida, verifique se a NF-e informada no MDF-e também foi emitida em ambiente de produção. Caso tenha sido emitida em homologação, será necessário verificar a emissão do documento.
Se tanto o MDF-e quanto a NF-e estiverem configurados e emitidos em ambiente de produção, será necessário seguir o procedimento de reinstalação do MDF-e.
Instalação do MDF-e: Link do procedimento