CIOT é o Código Identificador da Operação de Transporte.
Esse código é gerado para registrar uma operação de frete e vincular as informações do transporte e do pagamento do frete, conforme exigência da ANTT.
Para informar no Small MDF-e, abra seu MDF-e e na tela onde está realizando o preenchimento terá uma opção chamada CIOT.

Ao clicar em CIOT será exibido uma tela para informar o Nº do CIOT e o CPF/CNPJ do Responsável.

Observação: Caso essa opção não esteja aparecendo, será necessário atualizar o MDF-e.