Com todo o sistema fechado vá ao servidor e salve todos os arquivos XMLs em uma pasta em sua area de trabalho. Estes XMLs podem ser de NFCe, NFe de compra e venda desde que eles estejam autorizados para o CNPJ que foi informado no emitente.
Acesse o site da Small e faça download do Conversor de Banco de Dados através de arquivos XML da NFC-e, SAT, MFE e NF-e de entrada e saída.

Salve este executável na pasta onde o sistema foi instalado (C:\Program Files (x86)\Smallsoft\Small Commerce) no servidor onde está o banco de dados e o execute.

Clique no botão “Importar”, irá pedir a confirmação para importação de informações, clique no “SIM”

Feito isso irá abrir uma nova janela, nela selecione a pasta onde estão os arquivos XML e clique no “OK”.

Agora aguarde o sistema finalizar a importação.